Nghiên cứu bước đầu kháng thuốc kháng sinh nguyên phát của Helicobacter pylori dựa trên giải trình tự gene
Từ khóa:
Helicobacter pylori, kháng thuốc, nguyên phát, và giải trình tự genTóm tắt
Mục tiêu: Xác định tỷ lệ đột biến kháng nguyên phát clarithromycin, levofloxacin, tetracycline, amoxicillin và metronidazole của H. pylori trực tiếp từ mẫu sinh thiết dạ dày. Phương pháp: Nghiên cứu cắt ngang tiến hành trên một số bệnh nhân viêm loét dạ dày – tá tràng do H. pylori chưa từng được điều trị trước. Tình trạng kháng sinh dựa trên phân tích trình tự gene 23S rRNA (n=128), gyrA (n=130), 16S rRNA (n=131), pbp1A (n=44), rdxA (n=40) và frxA (n=31) được xác định trực tiếp từ mẫu mô sinh thiết niêm mạc dạ dày qua nội soi. Kết quả: Đối với clarithromycin, đột biến T2182C là chủ yếu, chiếm 90,6% (116/128). Tuy nhiên, có đến 96,9% (124/128) mẫu sinh thiết có ít nhất 1 đột biến tại vị trí 2142, 2143 hoặc 2182. Đối với levofloxacin, hai vị trí đột biến phổ biến là amino acid 87 và 91. Tỷ lệ đột biến N87K, N87I, D91G, D91N và D91Y lần lượt là 20,8% (27/130); 1,5% (2/130); 9,2% (12/130); 9,2% (12/130) và 3,1% (4/130). Đặc biệt, có 3.8% (5/130) mẫu có đồng thời nhiều đột biến xảy ra tại vị trí 91 như D91G/Y, D91N/S/G, D91N/Y, D91Y/C/G và D91Y/N. Đối với amoxicillin, các đột biến kháng thuốc quan trọng là E406A, S543R, T556S và N562T với tỷ lệ tương ứng lần lượt là 4,4% (2/47); 29,4 (10/44); 2,3% (1/44) và 2,3% (1/44). Đặc biệt, có một đột biến mới được phát hiện có khả năng gây kháng amoxicillin là sự thay đổi E (Glutamic acid) tại vị trí 465 với tỷ lệ 9,5% (4/46). Đối với tetracycline, các đột biến hiện diện gồm C762T, AGA965-967, C1120T và C1200T chiếm tỷ lệ lần lượt là 15,7% (14/89); 10,7% (14/131); 1,5% (2/131) và 1,5% (2/131). Đặc biệt, những đột biến mới phát hiện tại vị trí AGA965-967 là cGA và tGA với tỷ lệ lần lượt là 0,8% (1/131) và 2,3% (3/131). Đối với metronidazole, 100% các mẫu khảo sát có đột biến trên một hoặc cả hai gene rdxA và frxA. Đột biến dịch khung đọc phổ biến hơn ở gene frxA, chiếm 54,8% (17/31), so với gene rdxA là 32,5% (13/40). Ngược lại, đột biến tạo codon stop phổ biến hơn ở gene rdxA, chiếm 27,5% (11/40), so với gene frxA là 3,2% (1/31). Đột biến thay thế amino acid chiếm tỷ lệ gần nhau ở cả hai gene rdxA và frxA, lần lượt là 40,0% (16/40) và 41,9% (13/31). Kết luận: Nghiên cứu đã xác định được tỷ lệ gene đột biến kháng nguyên phát đối với các thuốc kháng sinh hiện đang được sử dụng điều trị trừ vi khuẩn H. pylori và ghi nhận một số đột biến lần đầu được phát hiện tại Việt Nam. Cần tiến hành nghiên cứu để đánh giá ý nghĩa lâm sàng của các đột biến này trên thực tế.
Tài liệu tham khảo
1. Fock, K.M. and T.L. Ang, Epidemiology of
Helicobacter pylori infection and gastric cancer
in Asia. J Gastroenterol Hepatol, 2010. 25(3): p.
479-86.
2. Quek, C., et al., Antimicrobial susceptibility and
clarithromycin resistance patterns of Helicobacter
pylori clinical isolates in Vietnam. F1000Res, 2016.
5: p. 671.
3. H., V.P., et al., Challenges in selecting antibiotics
treatment for H. pylori in Vietnam. 2016.
4. Khien, V.V., H.D.Q. Dung, and T.T. Binh,
Perspectives in Vietnam. The 25th Conference
of Korean college of Helicobacter and Upper
Gastrointestinal Research and The 14th Japan-Korea
Joint Conference on Helicobacter Infection, 2017.
5. Phan, T.N., et al., High rate of levofloxacin
resistance in a background of clarithromycin- and
metronidazole-resistant Helicobacter pylori in
Vietnam. Int J Antimicrob Agents, 2015. 45(3): p.
244-8.
6. Khademi, F., et al., The study of mutation in 23S
rRNA resistance gene of Helicobacter pylori to
clarithromycin in patients with gastrointestinal
disorders in Isfahan - Iran. Adv Biomed Res, 2014.
3: p. 98.
7. Trespalacios-Rangel, A.A., et al., Surveillance of
Levofloxacin Resistance in Helicobacter pylori
Isolates in Bogota-Colombia (2009-2014). PLoS
One, 2016. 11(7): p. e0160007.
8. Liou, J.M., et al., Efficacy of genotypic resistanceguided sequential therapy in the third-line treatment
of refractory Helicobacter pylori infection: a
multicentre clinical trial. J Antimicrob Chemother,
2013. 68(2): p. 450-6.
9. Dailidiene, D., et al., Emergence of tetracycline
resistance in Helicobacter pylori: multiple mutational
changes in 16S ribosomal DNA and other genetic
loci. Antimicrob Agents Chemother, 2002. 46(12):
p. 3940-6.
10. Zerbetto De Palma, G., et al., Occurrence of
Mutations in the Antimicrobial Target Genes Related
to Levofloxacin, Clarithromycin, and Amoxicillin
Resistance in Helicobacter pylori Isolates from
Buenos Aires City. Microb Drug Resist, 2017. 23(3):
p. 351-358.
11. Diab, M., et al., Detection of antimicrobial
resistance genes of Helicobacter pylori strains to
clarithromycin, metronidazole, amoxicillin and
tetracycline among Egyptian patients. The Egyptian
Journal of Medical Human Genetics, 2018.
12. Marais, A., et al., Characterization of the genes rdxA
and frxA involved in metronidazole resistance in
Helicobacter pylori. Res Microbiol, 2003. 154(2): p.
137-44.
13. Vianna, J.S., et al., Drug Resistance in Helicobacter
Pylori. Arq Gastroenterol, 2016. 53(4): p. 215-223.
14. Zhang, X.Y., et al., Detection of the clarithromycin
resistance of Helicobacter pylori in gastric mucosa
by the amplification refractory mutation system
combined with quantitative real-time PCR. Cancer
Med, 2019. 8(4): p. 1633-1640.
15. Binyamin, D., et al., Phenotypic and genotypic
correlation as expressed in Helicobacter pylori
resistance to clarithromycin and fluoroquinolones.
Gut Pathogens, 2017. 9(48).
